Omicron : Comment la variante du coronavirus a-t-elle évolué pour en être ainsi

Omicron est devenu une menace mondiale pour la santé publique grâce à un ensemble de mutations particulièrement dangereux, mais d’où vient-il ?

Par Michael Le Page

Nous ne savons pas avec certitude où ni comment la variante omicron du coronavirus a acquis une telle un ensemble étendu et dangereux de mutations avant de commence à se répandre comme une traînée de poudre dans le monde, et nous ne le saurons peut-être jamais. Il a très probablement évolué chez un seul individu immunodéprimé, peut-être une personne séropositive vivant quelque part en Afrique australe qui ne recevait pas de traitement efficace, mais il n’y a aucune preuve directe de cela.

Comment avons-nous découvert la variante omicron ?

Chercheurs en Afrique du Sud remarqué une petite augmentation des cas dans la province de Gauteng et a décidé de séquencer génétiquement plus d’échantillons. Ils ont trouvé une variante avec beaucoup de mutations inquiétantes et ont alerté le monde le 25 novembre. Chercheurs ailleurs remarqué cette variante à peu près à la même époque à partir de séquences téléchargées dans des bases de données publiques.

En quoi est-ce différent ?

Omicron a environ 50 mutations par rapport au virus d’origine découvert à Wuhan, en Chine, avec 30 dans la seule protéine de pointe externe. C’est important parce que la protéine de pointe est la cible de nos anticorps. Les changements importants dans la protéine de pointe d’omicron réduisent considérablement l’efficacité des anticorps que les gens ont de la vaccination ou de l’infection par d’autres variantes.

Comment a-t-il acquis autant de mutations ?

Il y a deux hypothèses principales. Le premier est qu’il a évolué chez une personne dont le système immunitaire est affaibli. Normalement, tous les virus sont tués lorsque notre réponse immunitaire se déclenche pleinement, mais si le système immunitaire d’une personne est faible, certains virus peuvent continuer à se répliquer dans leur corps et évoluer sur plusieurs mois pour devenir beaucoup plus efficaces pour échapper aux anticorps.

Y a-t-il des preuves que c’est ce qui s’est passé?

Il n’y a pas de preuve directe, mais ce processus du coronavirus accumule les mutations a été observé en train de se produire chez une personne séropositive qui ne répondait pas au traitement covid-19. Les chercheurs qui ont découvert l’omicron ont a demandé que les efforts de lutte contre le VIH soient intensifiés.

Quelle est l’autre idée principale ?

Que le virus a infecté des animaux d’une certaine sorte, a acquis de nombreuses mutations au fur et à mesure qu’il se propageait parmi eux, puis est revenu aux humains – un phénomène connu sous le nom de zoonose inverse.

Quelles preuves existe-t-il de l’évolution de l’omicron chez les animaux ?

Certaines des mutations dans les protéines de pointe sont les mêmes que ceux observés dans les virus du SRAS-Cov-2 qui se sont adaptés à la propagation chez les rongeurs, et en particulier les souris. Mais ce n’est peut-être qu’une coïncidence.

Cela aurait-il pu arriver chez des souris dans un laboratoire ?

La plupart des 7 milliards de personnes dans le monde ont des rongeurs vivant près de chez eux, voire à l’intérieur, donc il y a eu d’innombrables opportunités pour que cela se produise avec des souris ou des rats. Très peu de laboratoires font des expériences qui impliquent d’infecter des souris avec le SRAS-Cov-2, et aucun d’eux n’est en Afrique australe. En d’autres termes, l’idée des souris de laboratoire n’est pas à exclure mais semble hautement improbable.

Y a-t-il d’autres possibilités?

Omicron a pu évoluer progressivement au fur et à mesure qu’il s’est propagé d’une personne à l’autre dans l’une des nombreuses régions du monde où peu ou pas de séquençage est effectué. Mais étant donné à quel point c’est contagieux, il est difficile d’expliquer pourquoi aucun de ses ancêtres ne s’est suffisamment répandu pour atteindre les pays qui font plus de séquençage. Une autre possibilité est que le médicament molnupiravir, qui agit en induisant tant de mutations qu’il tue les virus, aurait pu jouer un rôle, mais il n’y a aucune preuve pour étayer cette spéculation.

Où est né l’omicron ?

Les premiers cas d’omicron confirmés à ce jour se sont produits en Afrique du Sud et au Botswana dans la première quinzaine de novembre. Cependant, on estime qu’omicron a commencé à se propager chez les humains début octobre. Nous ne savons pas où cela s’est passé. Cela dit, le fait que la première onde omicron soit en Afrique du Sud ne suggérer une origine quelque part dans la région.

J’ai lu qu’omicron avait été détecté ailleurs avant que l’Afrique du Sud ne le signale ?

Plusieurs pays dont les Etats Unis et les Pays-Bas ont maintenant signalé des cas d’omicron à partir de la mi-novembre, mais ceux-ci ne sont pas antérieurs aux premiers cas d’Afrique australe et sont presque tous associés à des voyages en provenance de la région. Il y a eu un rapport d’omicron trouvé au Nigeria en octobre, mais c’était plus tard dit être une erreur.

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