Une femme à Johannesburg, en Afrique du Sud, reçoit un écouvillon nasal d’un agent de santé EMMANUEL CROSET/AFP via Getty Images
Une nouvelle variante du SRAS-CoV-2, connue d’abord sous le nom de B.1.1.529 et maintenant nommée omicron, présente un nombre inhabituellement élevé de mutations et semble avoir déclenché une récente augmentation des cas en Afrique du Sud.
Quand omicron a-t-il été identifié pour la première fois ?
C’était d’abord détecté le 23 novembre en Afrique du Sud à partir d’échantillons prélevés entre le 14 et le 16 novembre. Joe Phaahla, ministre sud-africain de la Santé, dit le 25 novembre qu’il pense que la variante est à l’origine d’une augmentation quotidienne exponentielle des cas de covid-19 à travers le pays ces derniers jours. Le même jour, l’Agence britannique de sécurité sanitaire (HSA) l’a désigné comme une variante en cours d’investigation, déclenchant des restrictions de voyage pour les personnes se rendant au Royaume-Uni en provenance d’Afrique du Sud, du Botswana, du Lesotho, d’Eswatini, du Zimbabwe et de Namibie. L’Organisation mondiale de la santé avait répertorié le B.1.1.529 comme variante sous surveillance, mais son groupe consultatif technique sur l’évolution du virus SARS-CoV-2 décidé le 26 novembre pour le classer comme une variante préoccupante. L’OMS l’a maintenant nommé omicron d’après la lettre grecque.
Que se passe-t-il en Afrique du Sud ?
Les cas quotidiens nationaux sont passés de 274 le 11 novembre à 1000 quinze jours plus tard. Bien que le taux de croissance ait été rapide, les chiffres absolus sont encore relativement faibles par rapport au Royaume-Uni, qui a vu 50 000 cas le 26 novembre. Plus de 80% des cas en Afrique du Sud se trouvent actuellement dans la province du Gauteng. Tous les 77 cas séquencés dans la province entre le 12 et le 20 novembre ont été identifiés comme étant causés par la variante. Les nombre de reproduction estimé, le nombre moyen de personnes qu’un individu est susceptible d’infecter est de près de 2 dans le Gauteng contre près de 1,5 à l’échelle nationale.
Que nous disent les mutations de B.1.1.529 ?
La variante a une « constellation très inhabituelle de mutations », explique Sharon Peacock de l’Université de Cambridge. Il existe plus de 30 mutations dans la protéine de pointe, la partie du virus qui interagit avec les cellules humaines. D’autres mutations peuvent aider le virus à contourner notre système immunitaire, le rendre plus transmissible et moins sensible aux traitements, selon la HSA. Mais le le corps note que « cela n’a pas été prouvé ».
La signification des mutations est actuellement théorique et basée sur l’expérience des mutations passées du SRAS-CoV-2 plutôt que sur des tests de laboratoire. Wendy Barclay de l’Imperial College de Londres a déclaré « nous ne savons pas vraiment » si cela réduira l’efficacité des vaccins. Néanmoins, elle ajoute qu’en théorie, le nombre de changements sur les sites antigéniques sur le pic de la variante signifie que l’efficacité des anticorps produits par les vaccins contre le covid-19 serait compromise.
Les mutations sur une partie du virus connue sous le nom de site de clivage de la furine sont similaires à celles observées dans les variantes alpha et delta, ce qui pourrait aider la variante à se propager plus facilement. Barclay dit « qu’il est très biologiquement plausible » que B.1.1.529 ait une plus grande transmissibilité que delta.
Les mutations signifient également que la nouvelle variante est susceptible d’être plus résistante aux traitements par anticorps tels que ceux développés par Regeneron, dont il a été démontré qu’ils sauvent des vies. « C’est vraiment une source de préoccupation », déclare Barclay. Un petit point positif est qu’à ce jour, il n’y a aucun signe que la variante provoque une maladie plus grave.
Jusqu’où s’est-il propagé ?
Le séquençage génomique a trouvé la variante en Afrique du Sud, au Botswana et à Hong Kong. Il y a aussi des cas signalés en Israël, apparemment originaire d’un voyageur du Malawi, et en la Belgique, de quelqu’un qui avait voyagé d’Egypte. Le secrétaire britannique à la Santé, Sajid Javid, a déclaré qu’il était « très probable » que la variante se soit propagée à d’autres pays. Depuis le 27 novembre, deux cas avaient été détectés au Royaume-Uni, où environ un cinquième des cas positifs sont envoyés pour séquençage génomique. Même dans les pays où les niveaux de séquençage sont faibles, il peut être possible d’obtenir des signes avant-coureurs, car la variante est liée à une mutation appelée abandon du gène S, qui est détectée par des tests PCR, explique Jeffrey Barrett du Wellcome Sanger Institute à Hinxton, Royaume-Uni.
Comment les autres endroits ont-ils réagi ?
Le Royaume-Uni et l’UE ont tous deux imposé des restrictions aux personnes voyageant en provenance de pays d’Afrique australe, Javid affirmant que la variante est d' »énorme préoccupation internationale ». Premier ministre Boris Johnson a annoncé de nouvelles restrictions de voyage le 27 novembre.
Est-il évident que cela surpassera la variante delta ?
Nous ne savons pas. « Nous n’avons pas de preuves définitives pour le moment que cela est plus transmissible, mais il y a des indices que cela pourrait l’être », a déclaré Peacock, soulignant la croissance en Afrique du Sud et le nombre R plus élevé à Gauteng. Certaines variantes antérieures n’ont pas réussi à s’implanter dans certains pays en raison de la concurrence d’autres variantes : la bêta ne s’est pas établie au Royaume-Uni, par exemple, tandis que l’alpha s’est propagée depuis l’Europe mais n’a jamais atteint des niveaux élevés en Afrique du Sud. « Si cette variante n’est pas aussi transmissible que le delta, ce serait certainement une bonne nouvelle », déclare Barrett.
Que puis-je faire?
Toutes les mesures habituelles de distanciation sociale, de lavage des mains, de port du masque, de vaccination et de rappel s’appliquent toujours. L’émergence d’une telle variante potentiellement inquiétante est cependant un rappel du risque de taux de vaccination inégaux à l’échelle mondiale – seulement 24 pour cent des personnes sont complètement vaccinées en Afrique du Sud.
Que savons-nous vraiment de cette variante ?
La plupart de nos connaissances proviennent du Réseau de surveillance génomique en Afrique du Sud et du gouvernement sud-africain, qui ont tous deux été félicités par les chercheurs pour avoir agi rapidement pour partager des informations sur la variante. Mais il y a plus que nous ne savons pas. Tulio de Oliveira à l’Université de Stellenbosch, Afrique du Sud, dit hier que la pleine signification des mutations du variant « reste incertaine ». Paon ajoute : « Il est important de souligner à quel point nous ne connaissons pas cette nouvelle variante.“
Plus sur ces sujets :
Source link
