Lorsque Ludovic Orlando s’est décidé à découvrir les origines des chevaux domestiques, il n’a pas fait de cheval. Avec 120 autres chercheurs, l’archéologue moléculaire de l’agence de recherche française CNRS à Toulouse a passé au peigne fin des écuries et des sites de fouilles d’Europe et d’Asie pour amasser la plus grande collection au monde d’ADN de cheval, dont certaines datent de 42 000 ans. Aujourd’hui, après plusieurs années d’analyses intensives, il ne sait toujours pas quand et où les chevaux modernes ont commencé. Mais lui et ses collègues ont une compréhension beaucoup plus claire de la façon dont les humains ont façonné l’évolution équine, et ils ont découvert deux lignées de chevaux jusqu’alors inconnues.
« C’est quelque chose d’un ancien tour de force de la génomique », explique Daniel Bradley, un généticien évolutionniste au Trinity College de Dublin qui n’a pas été impliqué dans le travail. « L’échelle d’échantillonnage fait de ces données un héritage important et durable. »
Pour savoir où et quand les humains ont commencé à domestiquer les chevaux, l’équipe d’Orlando s’est d’abord tournée vers le Kazakhstan, où les fouilles des anciennes colonies de Botai avaient suggéré que ces éleveurs étaient parmi les premiers à atteler les chevaux. Mais la preuve ADN suggéré que ces animaux n’étaient pas les ancêtres du cheval moderne, comme les chevaux Botai appartenaient à une branche différente de l’arbre généalogique des chevaux que les chevaux modernes, ils ont rapporté l’année dernière dans Science.
Les chercheurs ont ensuite contacté des archéologues de terrain, des généticiens et des conservateurs de musées et ont obtenu de nombreuses données ADN de 278 chevaux anciens et de leurs proches de toute l’Eurasie. Ils ont comparé ces génomes aux génomes de 30 chevaux modernes et ont reconstitué 5000 ans d’histoire équine. Tout d’abord, ils ont évalué quels échantillons d’ADN anciens étaient suffisamment similaires à l’ADN de cheval moderne pour qu’ils aient pu être l’ancêtre du cheval sauvage. Aucun échantillon ancien n’a fait cette coupe.
Cela ne surprend pas Greger Larson, un généticien évolutionniste à l’Université d’Oxford au Royaume-Uni qui n’a pas participé à l’étude. « La domestication est complexe et la seule façon de commencer à la comprendre est d’évaluer de manière exhaustive de nombreux échantillons… provenant d’un large éventail de contextes et de cultures », dit-il. Même si l’équipe a fait de son mieux, il pense toujours qu’il doit y avoir des cultures encore inconnues qui ont eu les premiers chevaux modernes.
Mais même si le nouveau travail ne montre pas d’où viennent les chevaux domestiqués, il révèle l’existence de deux nouvelles lignées de chevaux : un ancien équidé qui parcourait ce qui est maintenant le Portugal et l’Espagne il y a environ 4000 ans, et un autre qui vivait en Sibérie en Russie Autour du même moment. Depuis, les deux lignées ont disparu, et il n’en reste aucune trace dans l’ADN du cheval moderne, rapporte l’équipe aujourd’hui dans Cellule. Ces résultats pourraient contenir une théorie antérieure suggérant que les chevaux domestiqués sont apparus dans la péninsule ibérique, dit Orlando.
L’étude révèle également que de nombreux attributs des chevaux modernes sont apparus beaucoup plus récemment. Par exemple, il y a « des revirements génétiques majeurs », dit Orlando, après l’expansion des Arabes en Europe au VIIe siècle. À cette époque, les étalons arabes étaient plus nombreux que les mâles d’autres races, ce qui a conduit à la présence de leur chromosome Y chez tous les chevaux modernes d’aujourd’hui. « C’était vraiment cool de voir quand cette perte de diversité masculine s’est produite », a déclaré Molly McCue, généticienne à l’Université du Minnesota à St. Paul qui n’a pas participé à l’étude.
Les données du génome révèlent également que la reproduction sélective s’est considérablement intensifiée il y a environ 200 ans, avec des conséquences positives et négatives. La diversité génétique chez les chevaux a sévèrement diminué, permettant à davantage de mutations potentiellement délétères de s’accumuler et d’entraîner un risque plus élevé de maladie génétique. Mais cet élevage intense a également conduit à des chevaux plus rapides, plus forts et plus endurants. Le travail « illustre vraiment que les chevaux il y a environ 1000 ans et les chevaux maintenant sont deux créatures différentes », dit Orlando.
La nouvelle recherche « comble de manière significative les lacunes de nos connaissances et étoffe les informations de base à un rythme remarquable », explique Sandra Olsen, archéologue zoologique à l’Université du Kansas à Lawrence. Elle pense qu’il pourrait y avoir beaucoup plus de lignées de chevaux non découvertes qui n’attendent qu’à être trouvées, et que l’ancêtre sauvage des chevaux modernes pourrait venir d’Ukraine, de la Russie occidentale ou de la Hongrie. Et bien que personne ne le sache vraiment, Larson est optimiste : « Je suis sûr qu’ils le trouveront », dit-il. « Ça doit être quelque part là-bas. »
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