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La pandémie fongique de « The Last of Us » est-elle possible

La pandémie fongique de « The Last of Us » est-elle possible dans notre monde ?


La série

The Last of Us
, issue du jeu vidéo éponyme, imagine un monde ravagé par une apocalypse
fongique causée par un champignon connu sous le nom de Cordyceps. Ce
champignon existe réellement. Nos confrères de CNET.com ont mené une
enquête scientifique sur la plausibilité d’une pandémie causée par le
Cordyceps et ce qu’elle pourrait engendrer.

last of us pandemie 1 


Attention, cet article inclut quelques spoilers des épisodes 2 et 3 de

The Last of Us
, donc mieux vaut stopper net votre lecture si vous voulez préserver votre
découverte de la série.


Les faits réels qui ont inspirés The Last of Us


C’est à David Attenborough et aux documentaires sur la nature que l’on doit
les horreurs qui hantent The Last of Us.


Dans un épisode incontournable de la série Planet Earth diffusée par la BBC
en 2006, consacré aux jungles, le réalisateur et son équipe rencontrent
divers champignons qui manipulent le comportement, dont un qui parasite les
fourmis charpentières : Ophiocordyceps. Dans le clip, qui a été visionné
plus de 10 millions de fois sur YouTube, la caméra s’attarde sur une fourmi
dont les mandibules grignotent une branche d’arbre. «

Comme dans un film de science-fiction, la fructification du Cordyceps
sort de la tête de la fourmi

», explique-t-il.


C’est cette scène de Planet Earth qui a inspiré Bruce Straley et Neil
Druckmann, respectivement réalisateur et directeur de la création du jeu The Last of Us, sorti en 2013. Dans une interview accordée à
GamesBeat, Bruce Straley affirme que les fourmis zombies ont été le « point
de départ » du jeu qui s’avère très proche de sa source.


Les fourmis qui entrent en contact avec des spores d’Ophiocordyceps sur le
sol de la jungle sont infectées. Le champignon s’insinue dans le corps et
commence à se répliquer. Il s’installe dans des régions particulières,
comme le cerveau et les muscles, libérant des composés chimiques qui
manipulent le comportement de la fourmi. Sous emprise, cette dernière se
dirige vers la face inférieure d’une feuille qu’elle mord. Sa mâchoire se
bloque autour grâce à des composés fongiques et elle s’immobilise ainsi
jusqu’à ce que la fructification sorte de sa tête.


Le processus est très spécifique. En général, une espèce d’Ophiocordyceps
infecte et zombifie une seule espèce de fourmi. Cette spécificité s’étend à
la façon dont le champignon s’empare de l’esprit de son hôte. Un article
de 2014 consacré à la relation entre la fourmi et le champignon explique
que l’Ophiocordyceps avait évolué vers un ensemble particulier de composés
pour influencer le comportement d’une espèce de fourmis et que ces mêmes
composés ne modifiaient pas le comportement d’autres espèces (bien que le
champignon tue souvent ces fourmis).


Notre connaissance du champignon a également évolué depuis la sortie de


The Last of Us
en 2013. Le documentaire Planet Earth date de 2006. À l’époque, le parasite
qui attaque les fourmis était scientifiquement connu sous le nom de Cordyceps unilateralis. En 2007, de nombreux champignons Cordyceps
qui parasitent les insectes, notamment les fourmis mais aussi les chenilles
et les araignées, ont été reclassés dans une autre famille de champignons :
les Ophiocordyceps. Bien que The Last of Us utilise ces deux mots
de manière interchangeable, ils sont désormais classés comme des genres
différents de champignons et les scientifiques utilisent le terme Cordyceps
comme nom générique pour toutes les espèces.


La chronologie de The Last of Us


Les origines de la pandémie ne sont pas révélées dans le jeu vidéo, si ce
n’est par quelques coupures de journaux et notes, qui semblent indiquer une
origine sud-américaine. L’adaptation de HBO se penche un peu plus sur
l’histoire, notamment dans les épisodes 2 et 3. Cela donne davantage
d’éléments pour réfléchir à la plausibilité dans le monde réel.


Voici la chronologie, telle que nous la comprenons.


Le matin du 23 septembre 2003, une femme travaillant dans une usine de
farine et de céréales à l’ouest de Jakarta (Indonésie) a été mordue par un
être humain inconnu. Elle est devenue violente, a attaqué quatre collègues,
en mordant trois d’entre eux, avant d’être enfermée dans une salle de bain
et d’être abattue d’une balle dans le crâne. Les trois collègues mordus ont
été exécutés quelques heures plus tard. Quatorze autres collègues n’ont pu
être retrouvés.


Un jour plus tard, le 24 septembre 2003, deux policiers de Jakarta entrent
dans un restaurant et interrompent Ibu Ratna, professeur de mycologie à
l’université, alors qu’elle est en train de déjeuner. Ils l’emmènent dans
un laboratoire du ministère de la Santé où elle regarde dans un microscope
et identifie un champignon : Ophiocordyceps.

last of us pandemie 2 

Dans The Last of Us, l’humanité tente de se relever deux décennies après qu’un champignon mutant Cordyceps ait déclenché une pandémie.
HBO


Elle est surprise de voir qu’il a été coloré avec du chlorazol, une
teinture couramment utilisée pour identifier les éléments fongiques des
cheveux humains et des ongles. « Cordyceps ne peut pas survivre chez les humains », affirme-t-elle
à l’officier de police. Puis elle examine ensuite le cadavre de la femme
qui travaillait à l’usine de farine et de céréales. Elle ouvre la plaie de
morsure sur la jambe et fouille dans sa bouche, découvrant que le cadavre a
été colonisé par Ophiocordyceps.


Après cette découverte, elle fait une recommandation radicale : bombarder
la ville et tous ses habitants.


Le 26 septembre 2003, l’épidémie frappe les États-Unis. Jour que l’on
appelle le « Outbreak Day ». À Austin, au Texas, les premiers signes de
troubles sont évidents : les ambulances traversent la ville sirènes
hurlantes. Aux premières heures du 27 septembre, l’épidémie atteint une
masse critique et la situation devient chaotique. Des avions s’écrasent au
sol. Les autoroutes quittant Austin sont bloquées par les militaires. Les
habitants ont fui leurs maisons, ignorant les recommandations des services
d’urgence.


Le lundi 29 septembre, Joel explique à Ellie que « tout a disparu
».


Cela pourrait-il nous arriver ?


Réponse courte: c’est improbable. Réponse longue : peut-être, mais avec une
tonne de réserves.


Deux éléments clés de l’intrigue sous-tendent la pandémie fongique dans la
version télévisée de The Last of Us : le changement climatique et
la façon dont les champignons se reproduisent.


La première saison de la série débute par un extrait d’interview qui se
déroule en 1968. Deux chercheurs discutent des pandémies dans un talk-show.
L’un d’eux, le Dr Neumann, déclare qu’il n’a pas peur des bactéries ou des
virus qui pourraient déclencher une pandémie. Ce n’est pas l’avis de son
confrère qui se dit effrayé par les champignons. Surtout parce qu’ils ne se
contentent pas de tuer l’hôte, mais en prennent le contrôle. Le public rit.
Puis, 35 ans plus tard, dans le monde fictif, c’est exactement ce qui
arrive.


Dans le monde réel, les scientifiques se sont souvent demandé pourquoi les
insectes, les plantes et les amphibiens sont si sensibles aux maladies
fongiques. Des recherches ont montré que la
régulation de la température corporelle, ou homéothermie, constitue une
excellente barrière contre les infections fongiques. Les champignons se
développent dans des environnements plus frais et c’est pourquoi ils sont
de puissants ennemis des insectes, des amphibiens et des plantes. Cela
signifie également qu’ils ne représentent pas un aussi grand danger pour
les animaux à sang chaud, comme les humains. Les champignons doivent
également être capables d’absorber les tissus humains, ce qu’ils ont
souvent du mal à faire, et même s’ils parviennent à nous envahir, ils
doivent faire face à notre système immunitaire très combatif.


Les humains peuvent toutefois être infectés par des champignons. Le
Candida, une levure qui cause le muguet, est une espèce puissante. Candida auris, une espèce multirésistante, est un problème majeur
dans les hôpitaux. Il y a aussi les moisissures, qui provoquent le pied
d’athlète et la teigne. Parfois, ces champignons échappent à nos défenses,
surtout pour ceux d’entre nous dont le système immunitaire est affaibli. «

Ce qu’il faut retenir des infections fongiques, c’est qu’elles
infectent principalement des personnes souffrant d’une maladie
sous-jacente

», explique à CNET.com Julianne Djordjevic, professeure associée à
l’université de Sydney, qui étudie les infections fongiques chez l’homme.


Mais les choses évoluent. Notre monde réel, comme celui deThe Last of Us, se réchauffe. « Et si, par exemple, le monde devenait légèrement plus chaud ? »
demande le Dr Neumann dans le premier épisode. Des températures plus
élevées pourraient permettre aux champignons de s’adapter lentement et
d’évoluer afin de résister à la chaleur qu’ils pourraient connaître à
l’intérieur d’un corps humain. Certains scientifiques pensent
que c’est la raison pour laquelle les infections au Candida pourraient être
en augmentation.


Une autre espèce connue sous le nom d’Ophiocordyceps sinensis, que
l’on trouve sur le plateau tibétain, offre une parade potentielle. L’espèce
est utilisée depuis longtemps dans la médecine chinoise et certains des
composés qu’elle sécrète ont été étudiés pour leurs propriétés
anticancéreuses. Cependant, en 2018, des mycologues ont montré
que le changement climatique, en plus de la surexploitation, entraînait un
déclin de l’espèce. L’Himalaya est particulièrement vulnérable à mesure que
le monde se réchauffe et, au moins pour cette espèce, l’adaptation et
l’évolution ne suivent pas le rythme. Peut-être le réchauffement de la
planète est-il trop rapide pour que les champignons puissent s’adapter.

last of us pandemie 3 

Dans le jeu vidéo, Joel et Ellie portent parfois des masques à gaz dans les zones où les spores de Cordyceps sont denses. Naughty Dog


Spores et vrilles


Mais comment le Cordyceps se propage-t-il ? Et si vite ? En tant
qu’ascomycètes, ou champignons à poche, les Ophiocordyceps qui peuplent les
jungles tempérées de la Terre se propagent et survivent grâce aux spores.
Cela fait partie de leur cycle de vie : ils infectent une fourmi, s’en
emparent, créent une fructification, libèrent les spores et recommencent.


L’adaptation de HBO introduit un énorme changement par rapport au jeu vidéo
: les spores ne sont pas le moyen par lequel Cordyceps se propage d’une
personne à l’autre. L’adaptation remplace les spores par des « vrilles » et
des morsures de personnes infectées, deux choses qui n’existent pas comme
agents infectieux dans le monde réel. Ils sont également affectés par la
proximité. Alors que les spores peuvent parcourir des centaines de
kilomètres, les vrilles et les morsures nécessitent un contact étroit.


C’est l’aspect le moins plausible de cette pandémie, mais The Last of Us
tente d’apporter une solution créative à l’effondrement de la société.


Au début de la série, alors que Joel et Ellie errent dans les décombres de
la civilisation, Joel évoque brièvement les origines de la pandémie : Le
Cordyceps a muté. Puis le champignon s’est introduit dans les réserves de
nourriture, des produits comme le pain, le sucre et les céréales étaient
tous porteurs de la souche mutée, et ces réserves de nourriture ont été
diffusées dans le monde entier.


Il y a des précédents de ce genre. La Grande famine, qui a ravagé l’Irlande
dans les années 1840 et 1850, a été causée par
un organisme similaire à un champignon, connu sous le nom de Phytophthora infestans, qui a détruit les cultures de pommes de
terre. Bien qu’il n’ait pas directement infecté et tué les humains, il
montre que nous sommes au moins sensibles aux champignons d’une manière qui
n’attire pas beaucoup l’attention.


Mais les vrilles comme vecteur de propagation demeurent peu crédibles, même
si leur mode de fonctionnement est partiellement expliqué.


« Le champignon se développe aussi sous terre »
, explique Tess, une autre survivante qui s’associe à Joel. «

De longues fibres comme des fils, certaines s’étendant sur plus d’un
kilomètre. Vous marchez sur une parcelle de Cordyceps à un endroit et
vous pouvez réveiller une douzaine d’infectés d’ailleurs.

» Cette connexion pourrait alerter les infectés sur les non infectés et
rendre presque impossible de les éviter, mais dans les premiers stades de
la pandémie, il faudrait des réponses gouvernementales particulièrement
ineptes pour que cela se produise.


Cela nécessiterait aussi une déviation évolutive majeure pour
l’Ophiocordyceps. Si le Cordyceps qu’Ibu Ratna voit dans son microscope et
le Cordyceps du monde réel sont fondamentalement les mêmes, cela
signifierait que le champignon a muté au niveau génétique pour devenir
quelque chose de totalement étranger. Il serait également inhabituel que
ces champignons se retrouvent dans les cultures alimentaires, à moins que
celles-ci ne soient hautement contaminées par des fourmis, des araignées ou
des mites.


Il y a aussi la question du contrôle du comportement d’un être humain. Si
les composés fongiques peuvent modifier l’esprit humain (pensez au LSD, par
exemple, qui a été isolé à partir d’un champignon du seigle), les composés
spécifiques nécessaires pour rendre les humains plus agressifs et
contribuer à la propagation de l’infection nécessiteraient un saut évolutif
miraculeux pour Ophiocordyceps.


Il y a tout simplement beaucoup trop d’obstacles à surmonter pour un
champignon muté. Peut-être ceux-ci seront-ils éclaircis dans une deuxième
saison.


Faut-il s’inquiéter des pandémies fongiques ?


Pratiquement toutes les grandes cultures dont l’humanité dépend sont
menacées par un

champignon pathogène
. Le riz, le blé et le maïs représentent la plus grande et la plus
importante source de calories pour la population humaine. Si une pandémie
fongique venait à compromettre l’approvisionnement des cultures, elle ne
serait peut-être pas aussi effrayante que les zombies sous emprise de The Last of Us. Mais elle pourrait être dévastatrice d’une manière
différente.


Ce qui préoccupe les chercheurs aujourd’hui, c’est l’apparition de
champignons résistants aux médicaments antifongiques. Selon un article
publié dans la revue


Science
en 2018, les champignons destructeurs de cultures représentent environ un
cinquième des pertes de rendement des cultures pérennes. Ils écrivent que «

[p]our éviter un effondrement mondial de notre capacité à contrôler les
infections fongiques

», nous devons promouvoir la découverte de nouveaux médicaments
antifongiques et nous assurer que notre utilisation actuelle des pesticides
et des produits chimiques ne donne pas naissance à des souches plus
inquiétantes.


Une autre possibilité ? Une double pandémie, qui réduit l’immunité des
humains à un point tel que des champignons pathogènes peuvent s’installer.
Prenons l’exemple de la Covid-19. Au plus fort de la pandémie, les patients
atteints développaient parfois des maladies fongiques. Des chercheurs ont
étudié des cas de mucormycose, causée par un champignon noir, dans 18 pays
en 2022, et ont

écrit
qu’il s’agissait d’une complication peu étudiée et mal comprise du Covid-19
sévère. Elle semble affecter davantage les hommes que les femmes et les
personnes atteintes de diabète.


Bien qu’il s’agisse de l’un des scénarios d’apocalypse les plus effrayants
et qu’il constitue une bonne source d’inspiration pour la télévision de
science-fiction, il est peu probable que le Cordyceps menace des milliards
d’humains. Mais l’ennemi est là et nous devons nous y préparer.




Article de CNET.com adapté par CNETFrance


Image : Liane Hentscher/HBO


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