Études sur le cancer : l’enquête ne parvient pas à reproduire les résultats de

La fiabilité de la recherche en biologie du cancer à un stade précoce est remise en question par une enquête qui conclut que plus de la moitié des résultats expérimentaux ne peuvent pas être reproduits par des scientifiques indépendants

Par Hélène Albert

Une enquête de huit ans sur la fiabilité de la recherche préclinique sur la biologie du cancer a révélé que moins de la moitié des résultats publiés dans 23 articles très cités pouvaient être reproduits avec succès.

Tim Errington, directeur de recherche au Centre pour la science ouverte en Virginie – qui a mené l’enquête – dit que le plan initial était de reproduire 193 expériences à partir de 53 articles. Mais, comme expliqué dans l’une des deux études que l’équipe publie aujourd’hui, cela a été réduit à 50 expériences sur 23 articles.

« Essayer simplement de comprendre ce qui a été fait et rapporté dans les journaux afin de le refaire était vraiment difficile. Nous n’avons pas pu accéder à l’information », dit-il.

Au total, les 50 expériences comprenaient 112 résultats binaires de « succès ou d’échec » potentiellement réplicables. Cependant, comme détaillé dans la deuxième étude publiée aujourd’hui, Errington et ses collègues n’ont pu reproduire les effets de seulement 51 d’entre eux, soit 46%.

Les expériences étaient toutes des études de biologie préclinique du cancer in vitro ou animales, et n’incluaient pas d’expériences génomiques ou protéomiques. Ils provenaient d’articles publiés entre 2010 et 2012 et étaient sélectionnés parce qu’il s’agissait d’études « à fort impact » qui avaient été lues et largement citées par d’autres chercheurs.

Les résultats sont «un peu révélateurs», dit Errington.

Les conclusions de l’enquête concordent toutefois avec celles des rapports antérieurs publiés par les grandes sociétés pharmaceutiques Bayer et Amgen. C. Glenn Begley, qui a récemment cofondé la biotechnologie américaine Parthenon Therapeutics, était un biologiste principal du cancer chez Amgen et un auteur de son rapport, publié en 2012.

« Nous avons examiné les documents sur lesquels nous nous étions appuyés chez Amgen et avons constaté que nous ne pouvions reproduire que 11 % des études », explique Begley.

Le rapport Amgen a été applaudi par certains membres de la communauté des chercheurs pour avoir mis en lumière un problème important. Mais Begley dit que le rapport a également été critiqué pour son manque d’ouverture sur les études exactes qu’il a essayées et n’a pas réussi à reproduire.

Cette critique ne peut être adressée à la nouvelle enquête. Errington et ses collègues ont publié toutes les données sur les études qu’ils ont incluses sur le Cadre de science ouverte, un site Web et un référentiel de données gérés par le Center for Open Science, pour faciliter le partage des données. Ils ont également demandé un examen par les pairs de leurs méthodes de réplication avant la fin de l’étude.

Bien que l’enquête se soit concentrée sur des études précliniques, les problèmes de réplicabilité qu’elle a découverts pourraient également aider à expliquer les problèmes liés aux études à un stade ultérieur chez l’homme. Par exemple, un enquête précédente de l’industrie ont montré que moins de 30 pour cent des essais de phase II et moins de 50 pour cent des essais de médicaments anticancéreux de phase III réussissent.

Même s’il n’y a pas de lien direct entre les problèmes aux stades des essais précliniques et cliniques de la recherche scientifique, Errington dit que le taux élevé d’échec des essais cliniques ultérieurs dans ce domaine est très préoccupant.

« À ce stade, vous avez déjà investi dans le pipeline d’essais cliniques très coûteux », dit-il. « C’est la vie, les espoirs et les moyens de subsistance des gens qui sont en jeu ici. »

Il ajoute que le Center for Open Science plaide désormais en faveur d’un changement de culture scientifique qui met davantage l’accent sur le partage de données et des études de bonne qualité à un stade précoce, ce qui pourrait aider à mettre en évidence tout problème de réplicabilité utilisé dans ce type de recherche.

Emilie Sena à l’Université d’Édimbourg, au Royaume-Uni, convient que c’est important, mais dit que davantage doit être fait pour persuader les scientifiques de se joindre à nous. « Cela exige des institutions et de leurs comités de nomination et de promotion qu’elles apprécient le fait que vous ayez fait cela, mais la structure d’incitation n’est tout simplement pas là pour le moment », dit-elle.

Des signes prometteurs de changement se profilent à l’horizon. Les National Institutes of Health des États-Unis, l’un des principaux bailleurs de fonds de la recherche liée à la santé, institue une nouvelle politique au début de 2023 qui fera du partage de données la valeur par défaut pour les projets qu’il finance. Plusieurs revues ont également modifié leurs systèmes de publication ces dernières années pour encourager la science ouverte et le partage de données.

Begley dit qu’il a vu un réel changement au cours de la décennie depuis qu’il a co-écrit le rapport Amgen. « Quand j’ai commencé à parler de ce problème pour la première fois, les gens se mettaient en colère et disaient : « Eh bien, cela prouve simplement que les scientifiques d’Amgen sont incompétents » », dit-il. « Maintenant, quand je donne une conférence, l’accent est mis sur ce que nous devrions faire à ce sujet. »

Références de revues : eLife, DOI : 10.7554 / eLife.67995 et DOI : 10.7554 / eLife.71601

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