Vers la fin de la dernière ère glaciaire, un loup gris s’est approché avec précaution d’un campement humain. Ces premiers pas hésitants ont mis son espèce sur la voie d’une transformation spectaculaire : il y a au moins 15 000 ans, ces loups étaient devenus des chiens, et ni eux ni leurs compagnons humains ne seraient plus jamais les mêmes. Mais comment cette relation a évolué au cours des millénaires qui ont suivi a été un mystère. Maintenant, dans la comparaison la plus complète à ce jour de l’ADN ancien des chiens et des humains, les scientifiques commencent à combler certains des blancs, révélant où les chiens et les humains ont voyagé ensemble et où ils se sont peut-être séparés.
« C’est une étude vraiment intéressante », déclare Wolfgang Haak, archéogénéticien à l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine. « Nous commençons enfin à voir comment l’histoire du chien et l’histoire humaine correspondent. »
Les chiens sont l’une des plus grandes énigmes de la domestication. Malgré des décennies d’études, les scientifiques n’ont toujours pas compris quand ni où ils sont apparus, et encore moins comment ou pourquoi cela s’est produit. Une étude de 2016 a conclu que les chiens peuvent avoir été domestiqués deux fois, une fois en Asie et une fois en Europe ou au Proche-Orient, mais les critiques ont dit qu’il n’y avait pas assez de preuves pour en être sûr. Quelques années plus tard, des chercheurs ont signalé des signes de chiens dans les Amériques il y a 10 000 ans, pourtant ces chiens semblent avoir disparu sans trace génétique. D’autres études ont trouvé preuve de chiens anciens en Sibérie et ailleurs, mais les scientifiques ne savent pas comment ils sont arrivés là ni comment ils sont liés.
Pour combler certains des vides, deux grands noms de la génétique canine et humaine se sont associés : Greger Larson, biologiste évolutionniste à l’Université d’Oxford, et Pontus Skoglund, paléogénomique à l’Institut Francis Crick. Larsen, Skoglund et leurs collègues ont passé au crible plus de 2000 ensembles de restes de chiens anciens datant de près de 11 000 ans en Europe, en Sibérie et au Proche-Orient. Dans le processus, ils ont ajouté 27 génomes de chiens anciens aux cinq déjà enregistrés. Ils ont ensuite comparé ceux-ci avec les génomes de 17 humains vivant aux mêmes endroits et aux mêmes moments que les chiens.
L’ADN du chien à lui seul a révélé quelques surprises. Il y a 11 000 ans, il y avait déjà cinq lignées de chiens distinctes; ceux-ci ont donné naissance à des chiens au Proche-Orient, en Europe du Nord, en Sibérie, en Nouvelle-Guinée et dans les Amériques, rapporte l’équipe aujourd’hui dans Science. Parce que les chiens s’étaient déjà tellement diversifiés à cette époque, « la domestication devait avoir lieu bien avant cette date », explique Skoglund. Cela correspond aux preuves archéologiques : les restes définitifs de chiens les plus anciens proviennent d’Allemagne il y a environ 15 000 à 16 000 ans.
Remarquablement, des morceaux de ces anciennes lignées sont encore présents dans les chiens d’aujourd’hui. Les Chihuahuas peuvent retracer une partie de leurs ancêtres aux premiers chiens américains, par exemple, tandis que les Huskies arborent des signatures génétiques d’anciens chiens sibériens, a découvert l’équipe. « Si vous voyez un groupe de chiens différents dans un parc à chiens », dit Skoglund, « ils peuvent tous avoir des ancêtres différents qui remontent à 11 000 ans » (voir la figure ci-dessous).
Les chiens d’aujourd’hui peuvent retracer leurs ancêtres à des chiens qui ont vécu il y a jusqu’à 11 000 ans.
Bergstrom et al., Science (2020)
Lorsque les chercheurs ont comparé l’ADN de leur chien avec l’ADN de loup moderne et ancien, ils ont eu une autre surprise. La plupart des animaux domestiqués récupèrent le matériel génétique de leurs parents sauvages, même après la domestication, car les deux espèces vivent souvent à proximité et peuvent toujours s’accoupler (pensez aux porcs et aux sangliers). Mais les chiens ne montrent pas un tel « flux génétique » des loups. Au lieu de cela, les loups ont obtenu un nouvel ADN des chiens – une rue à sens unique.
Larson attribue cela à la relation intime entre les chiens et les humains. Si votre cochon ou votre poulet devient un peu plus sauvage grâce à une infusion d’ADN sauvage, cela n’a pas d’importance, car vous allez les manger de toute façon, explique-t-il. Mais les chiens qui deviennent indigènes font de mauvais gardes, des compagnons de chasse et des amis. « Si vous êtes un chien et que vous avez un peu de loup en vous, c’est terrible », dit Larson. Les gens vont « se débarrasser du chien ».
L’analyse du chien-loup suggère également que les chiens n’ont évolué qu’une seule fois, à partir d’une population de loups maintenant éteinte. Pourtant, Larson, qui a dirigé l’étude de 2016 sur plusieurs événements de domestication, affirme que davantage de données sont nécessaires pour sceller l’accord.
Ensuite, les scientifiques ont introduit les humains dans le mélange. Ils ont sélectionné des échantillons d’ADN humain provenant des mêmes lieux et époques pour lesquels ils avaient un ancien ADN canin, et ont retracé l’histoire génétique de chacun. « C’est comme si vous aviez un texte ancien dans deux langues différentes et que vous cherchiez à voir comment les deux langues ont changé au fil du temps », explique Skoglund.
Dans de nombreux endroits, l’équipe a trouvé un fort chevauchement entre les génomes humains et canins. Par exemple, les agriculteurs et leurs chiots en Suède il y a environ 5000 ans font tous deux remonter leurs ancêtres au Proche-Orient. Cela suggère que les premiers agriculteurs ont emmené leurs chiens avec eux alors que l’agriculture se répandait sur tout le continent. « En gros, lorsque les humains se déplaçaient, ils se déplaçaient avec leurs chiens », dit Larson.
Mais parfois, les histoires ne correspondaient pas. Il y a environ 7000 ans, les agriculteurs allemands venaient également du Proche-Orient et vivaient également avec des chiens. Mais ces animaux ressemblent plus aux chiots chasseurs-cueilleurs, venus de Sibérie et d’Europe.
Cela suggère que de nombreux premiers migrants ont adopté des chiens locaux mieux adaptés à leur nouvel environnement, dit Haak. Les bénéfices étaient nombreux, ajoute Peter Savolainen, généticien au Royal Institute of Technology et expert des origines canines. « Ils étaient mignons. Tu pouvais les utiliser. Tu pouvais même les manger. »
Savolainen qualifie l’étude de « très approfondie » et ajoute qu’il est « fantastique » que les chercheurs aient pu rassembler autant de données. Mais il a longtemps soutenu que les chiens sont apparus en Asie du Sud-Est et dit que le travail est incomplet sans échantillons de ce coin du globe. « Sans ceux-ci, vous pourriez manquer une partie importante de l’image. »
Pour l’instant, Larson dit que son équipe analyse « une tonne » de génomes de loups et de chiens. Lui et ses collègues ont également commencé à examiner la forme ancienne du crâne et les marqueurs génétiques qui pourraient donner des indices sur l’apparence des premiers chiens. Quoi qu’il trouve, il compte bien être surpris. « Nous devons nous attendre à l’inattendu », dit-il, « parce que c’est tout ce que l’ADN ancien nous donne. »
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